وتضم قائمة المتهمين في القضية عددًا من كبار قيادات جماعة الإخوان الإرهابية، من بينهم عصام العريان، ومحمد البلتاجي، وباسم عوده، وعبد الرحمن البر، وصفوت حجازي، وأسامة ياسين، ووجدي غنيم، إلى جانب عاصم عبد الماجد عضو مجلس شورى تنظيم الجماعة الإسلامية، وعصام سلطان، وطارق الزمر وآخرين.وكانت النيابة العامة أسندت إلى المتهمين في القضية، أنهم خلال الفترة من 21 يونيو وحتى 14 أغسطس 2013، ارتكبوا جرائم تدبير تجمهر مسلح والاشتراك فيه بميدان رابعة العدوية (ميدان هشام بركات حاليًا) وقطع الطرق، وتقييد حرية الناس في التنقل، والقتل العمد مع سبق الإصرار للمواطنين وقوات الشرطة المكلفة بفض تجمهرهم، والشروع في القتل العمد، وتعمد تعطيل سير وسائل النقل.
كما تضمنت قائمة الاتهامات المسندة إلى المتهمين ارتكابهم جرائم احتلال وتخريب المباني والأملاك العامة والخاصة والكابلات الكهربائية بالقوة، وتنفيذا لأغراض إرهابية بقصد الإخلال بالنظام العام وتعريض سلامة المجتمع وأمنه للخطر، وتكدير السكينة العامة، ومقاومة السلطات العامة، وإرهاب جموع الشعب المصري، وحيازة وإحراز المفرقعات والأسلحة النارية والذخائر التي لا يجوز الترخيص بحيازتها أو إحرازها، والأسلحة البيضاء والأدوات التي تستعمل في الاعتداء على الأشخاص.
وكشفت تحقيقات النيابة العامة، من خلال شهادات العديد من قاطني محيط التجمهر المسلح ومسئولي أجهزة الدولة وقوات الشرطة، أن المتهمين من جماعة الإخوان الإرهابية، نظموا ذلك الاعتصام المسلح وسيروا منه مسيرات مسلحة لأماكن عدة هاجمت المواطنين الآمنين في أحداث مروعة، وقطعوا الطرق ووضعوا المتاريس وفتشوا سكان العقارات الكائنة بمحيط تجمهرهم، وقبضوا على بعض المواطنين واحتجزوهم داخل خيام وغرف أعدوها وعذبوهم بدنيا، وحازوا وأحرزوا أسلحة نارية وذخائر استخدموها في مقاومة قوات الشرطة القائمة على فض تجمهرهم.