وكان المتهمون قد تقدموا بطعون أمام محكمة النقض على الأحكام الصادرة ضدهم بالإدانة في ختام إعادة محاكمتهم، وطالبوا فيها بنقض تلك الأحكام وإعادة محاكمتهم بمعرفة محكمة النقض والقضاء مجددا ببراءتهم مما هو منسوب إليهم من اتهامات.
وكانت محكمة جنايات الجيزة برئاسة المستشار حسين قنديل قد عاقبت في شهر سبتمبر 2016، 7 متهمين في القضية بالإعدام شنقا، ومعاقبة 5 آخرين بالسجن المشدد لمدة 10 سنوات، وذلك لإدانتهم في إعادة محاكمتهم بقتل اللواء نبيل فراج مساعد مدير أمن الجيزة عمدا مع سبق الإصرار والترصد بمنطقة كرداسة، أثناء اقتحام قوات الأمن لمعاقل الإرهابيين بالمنطقة، وكذلك اتهامهم أيضا بتكوين تنظيم تكفيري إرهابي لقتل رجال الشرطة والجيش.
وسبق لإحدى دوائر محكمة جنايات الجيزة (في المحاكمة الأولى للمتهمين) أن قضت بمعاقبة 12 متهما بالإعدام شنقا، حيث شمل الحكم 7 متهمين محبوسين احتياطيا (وقتئذ) و5 متهمين آخرين هاربين.. ومعاقبة 10 متهمين آخرين بالسجن المؤبد لمدة 25 عاما، وببراءة متهم آخر.
وكانت النيابة العامة قد أسندت إلى المتهمين ارتكابهم للجرائم المسندة إليهم خلال الفترة من 14 أغسطس وحتى 5 أكتوبر من العام 2013.
وأسندت النيابة إلى المتهمين ارتكاب جرائم الإرهاب وتمويله، وإنشاء وإدارة جماعة على خلاف أحكام القانون الغرض منها منع مؤسسات وسلطات الدولة من ممارسة أعمالها، والاعتداء على الحرية الشخصية للمواطنين، والإضرار بالوحدة الوطنية والسلام الاجتماعي واستهداف المنشآت العامة بغرض الإخلال بالنظام العام، واستخدام الإرهاب في تنفيذ تلك الأغراض.
كما أسندت النيابة إلى المتهمين تهمة قتل اللواء نبيل فراج مع سبق الإصرار والترصد، والشروع في قتل ضباط وأفراد الشرطة، وإحراز الأسلحة النارية والذخائر والمفرقعات والمتفجرات وصنعها، ومقاومة السلطات، وحيازة أجهزة الاتصالات بدون تصريح من الجهات المختصة لاستخدامها في المساس بالأمن القومي للبلاد.
وكشفت تحقيقات نيابة أمن الدولة العليا عن توافر الأدلة على أن المتهمين محمد نصر الدين فرج الغزلاني، وعصام عبد الحميد دياب، اعتنقا أفكارا تكفيرية قوامها تكفير الحاكم والقوات المسلحة والشرطة، وشرعية مقاومتهم وقتالهم، والاعتداء على أبناء الديانة المسيحية واستحلال أموالهم وممتلكاتهم.
كما ثبت من التحقيقات أن المتهمين المذكورين كونا تنظيما إرهابيا للقيام بالأعمال التخريبية والعدائية داخل البلاد، واستطاعا أن يستقطبا بقية المتهمين، وضمهم للتنظيم، وتدريبهم على حمل السلاح وتصنيع المتفجرات وأساليب كشف المراقبة الأمنية والتخفي، وبثا في رؤوسهم الأفكار التكفيرية وضرورة مهاجمة قوات الجيش والشرطة والمنشآت والدوريات الأمنية والكنائس، ومقاومة عمليات تأمين الشرطة لأهالي مدينة كرداسة وممتلكاتهم، وذلك بعد أن تمكن زعيما التنظيم من الهرب من المدينة عقب وصول قوات الشرطة إليها في أعقاب إشعالهما وآخرين النيران في مركز شرطة كرداسة وقتل من فيه من ضباط وأفراد.
وأظهرت التحقيقات أن أعضاء التنظيم الإرهابي تمكنوا من تدبير الأموال اللازمة لشراء الأسلحة والذخائر والمتفجرات وجلبها عبر الحدود الغربية للبلاد، وإخفائها داخل مزرعة بتقسيم جمعية السلام للإصلاح الزراعي بمنطقة الجبل الغربي القريبة من سجن القطا، والتي كانوا يعقدون بها لقاءات تنظيمية.
كما كشفت التحقيقات أن قوات الشرطة، تمكنت من تنفيذ إذن النيابة العامة بتفتيش تلك المزرعة، وضبط بعض أعضاء التنظيم الإرهابي داخلها، وضبط كمية هائلة من الأسلحة، بلغت 8 قذائف صاروخية من طراز (آر بي جي) و8 عبوات دافعة للقذائف من ذات النوع، والقاذفين الخاصين بهم، ورشاشين متعددين، و 10 بنادق آلية، ومسدس حلوان، وفردي خرطوش تمت صناعتهما محليا، و 25 خزينة سلاح آلي، و 1088 طلقة آلي متعدد، و 1334 طلقة بندقية آلية، و 28 طلقة خرطوش، و 8 أقنعة واقية من الغاز، و 40 قنبلة محلية الصنع، و 4 مفجرات خاصة بالقنابل، وقنبلة غاز، وعدد من الهواتف المحمولة متصل بعضها بدوائر التفجير، ومواد كيماوية، ودوائر كهربائية ومسامير وقطع معدنية صلبة خاصة بصنع القنابل والمفرقعات، وأجهزة حواسب آلية وأجهزة رؤية ومراقبة واتصالات لاسلكية، وعدد من شرائح الاتصالات، ومبالغ مالية كبيرة.
كما كشفت تحقيقات النيابة العامة أن اثنين من المتهمين حملا أسلحة نارية وذخائر من بينها مسدس تمت سرقته من مركز شرطة كرداسة وقت الهجوم عليه، وتوجها لمدينة كرداسة لتنفيذ المخطط الإرهابي الذي أعده زعيم التنظيم محمد نصر الدين فرج الغزلاني، لمقاومة قوات الشرطة حال وصولها مدينة كرداسة في 19 سبتمبر 2013 .
وذكرت التحقيقات أن المتهمين المشار إليهما أعدا كمينا داخل المدينة، ثم أطلق أحدهما النيران تجاه اللواء نبيل عبد المنعم فراج، فأصابا صدره وأسفر عن وفاته.
كما ثبت من التحقيقات أن بعض المتهمين ألقوا على قوات الشرطة المكلفة بتنفيذ أمر النيابة بضبطهم، قنابل يدوية، فأصابوا 9 من ضباط وأفراد الشرطة.
وأثبتت التقارير الفنية سلامة جميع الأسلحة والطلقات النارية والقذائف الصاروخية، والقنابل والمفرقعات المضبوطة، وأنها كانت معدة للاستعمال، وأن الهواتف المحمولة تم تعديلها وضبطها وتوصيلها بالدوائر الكهربائية لتشغيلها عقب الاتصال بها عن بعد واستخدامها في التفجير، وأن الأجهزة اللاسلكية تعمل مع ترددات وزارة الداخلية.